Після переїзду родини до м. Луганська з 1978 р. завідував лабораторією випробування тепловозів проектно-конструкторського й технологічного інституту ВО «Луганськтепловоз». Спільно з інженером В. П. Палкіним запатентував вісьмома авторськими свідоцтвами енергоощадну технологію доводочно-регулювальних випробувань тепловозів без запуску дизеля, яка дала змогу скоротити на 60?% цикл випробування й витрати палива, поліпшити умови праці, а також віддавати енергію в електричну мережу за натурних випробувань дизель-генераторів тепловозів. Ці науково-технічні розробки стали основою дисертаційної роботи Є. М. Шапрана, яку він виконав під керівництвом відомого вченого, завідувача кафедри локомотивів ХПІ, професора С. М. Куценка й захистив у 1987 р. в Московському інституті інженерів транспорту. Результати дисертації використало багато тепловозобудівних підприємств та локомотивних депо колишнього СРСР зі значним економічним ефектом.
Починаючи з 1987 р., Євген Миколайович за сумісництвом почав працювати старшим викладачем кафедри локомотивобудування Луганського машинобудівного інституту (нині — Східноукраїнський національний університет імені Володимира Даля). Завдяки організаторським здібностям, виробничому досвіду в 1984 р. Є. М. Шапран за конкурсом обраний директором ВО «Схід» Українського товариства глухих (УТОГ). З 1989 до 1999 рр. за його ініціативи реконструйовано підприємство, освоєно понад 40 електротехнічних виробів для верстатобудівної галузі, комплектування кранового обладнання, газової автоматики, тракторів, автобусів, а також широку гаму товарів народного споживання. У 1990 р. став членом президії Центрального правління УТОГ, заступником
Починаючи з 1999 р., Євген Миколайович кардинально змінив сферу діяльності й обрав пріоритетом науково-педагогічну роботу — став проректором з економіки Східноукраїнського національного університету імені Володимира Даля та за сумісництвом працював директором університетського технопарку. У 2002 р. йому присвоєно вчене звання доцента. У 2003 р. заснував новий напрям досліджень спільно з ПАТ «Луганськтепловоз» та ПАТ НПЦ «Трансмаш». Завдяки комплексному підходу до розроблення системи адаптивного управління дизель-генератором, електричною передачею і пристроями короткочасного поліпшення зчеплення коліс локомотива з рейками, а також вибору раціональних параметрів й алгоритмів роботи об’єднаної мікропроцесорної системи запропоновані технічні рішення використали як для створення перспективних конструкцій тепловозів, так і для модернізації діючих. Крім того, під керівництвом ученого та за його безпосередньої участі виконано понад 10 госпдоговірних і бюджетних тем, одержано майже 50 патентів на винаходи та корисні моделі. За результатами діяльності опубліковано 6 монографій і 5 підручників у співавторстві, а також понад 150 наукових праць, зокрема й тих, які містяться в наукометричній базі Scopus та Web of Science. Усе це дало йому змогу успішно захистити у 2013 р. докторську дисертацію в СНУ імені В. Даля. Як проректор з економіки впродовж 1999–2009 рр. керував будівництвом та капітальним ремонтом 29 навчальних корпусів, 9 гуртожитків та 5 баз відпочинку для студентів, викладачів і працівників. За вагомий внесок у спорудження нового енергоефективного корпусу площею 3600 м2, який переміг у конкурсі на найкращі будинки й комплекси житлово-цивільного та промислового призначення, нагороджений грамотою Державного комітету України з будівництва та архітектури. У 2014 р. через бойові дії в м. Луганську Є. М. Шапран з родиною переїхав до м. Харкова. З 2017 р. завідує кафедрою підприємництва, торгівлі та експертизи товарів НТУ «ХПІ». Започаткував нові напрями підготовки фахівців за спеціальністю «Підприємництво, торгівля та біржова діяльність» і спеціалізаціями «Міжнародна торгівля», «Публічні закупівлі», «Експертиза товарів», акредитовані МОН України за найвищим ІV рівнем. Під керівництвом Є. М. Шапрана відкрито міжкафедральні наукові лабораторії, де разом із технопарком Стамбульського технічного університету та інноваційним бізнес-інкубатором, створеними за міжнародною програмою USAID «Конкурентоспроможна економіка України», комерціалізують розробки студентів і вчених кафедри. Науковець входить до координаційної ради з енергозбереження й енергоефективності при Луганській держадміністрації, координаційної ради з питань спеціального режиму інвестиційної діяльності Луганської міської ради. За вагомий внесок у розвиток вітчизняної освіти й науки Є. М. Шапран відзначений державними та відомчими нагородами: «Відмінник Українського товариства глухих», Почесною грамотою Кабінету Міністрів України, почесною грамотою Луганської облдержадміністрації «За розвиток регіону», почесною грамотою «Петро Могила». Життєве кредо Євгена Миколайовича: «Ніколи не відмовляйся від нового виклику». Учений вважає: що екстравагантніша ідея, то більше задоволення одержиш від її реалізації. Його улюблений вислів — індіанська мудрість: «Між стрибком і польотом лежить сумнів. Стрибни впевнено — і ти знайдеш свої крила».
