Народився 15 вересня 1940 р. в м. Усурійськ Приморського краю РФ. У 1958 р. вступив на енергомашинобудівний факультет Харківського політехнічного інституту.
Після закінчення інституту в 1963 р. був направлений на Харківський турбінний завод до лабораторії газодинаміки дослідно-конструкторського бюро, де зробив перші кроки в науці й видав перші публікації.
У 1967 р. Г.А. Бондаренко став аспірантом кафедри турбобудування ХПІ. Захистив кандидатську дисертацію в 1971 р. й розпочав професійну діяльність у щойно створеному ВНДІКомпресормаш м. Суми, де працював на посадах завідувача сектору, керівника дослідної лабораторії, а згодом — завідувача науково-дослідного відділу вже в складі Сумського науково-виробничого об’єднання.
З 2004 р. — професор кафедри технічної теплофізики Сумського державного університету, готує фахівців із компресорної техніки.
Після входження ВНДІКомпресормашу до складу Сумського НВО очолював розрахунково-дослідний відділ СКБ турбомашин. У цей період створені великі компресорні установки для транспортування попутного нафтового газу, газоліфтного видобування нафти, унікальна установка для видобування газового конденсату на тиск 500 атмосфер. Розроблені й успішно впроваджені системи «сухих» безмасляних ущільнень нагнітачів природного газу.
Під керівництвом Германа Андрійовича виконано низку великих міжнародних проєктів із провідними закордонними фірмами: «Дрессер Ренд» (США) — передання фірмі ліцензії на виробництво «сухих» газових ущільнень, МАN GHH (Німеччина) — спільна розробка стендового комплексу для випробувань компресорів й арматури високого та надвисокого тиску, «Джон Крейн» (Велика Британія) — переоснащення газових компресорів системами сухих газових ущільнень.
Після перебудови Г.А. Бондаренко як головний конструктор підрозділу концерну «Укрросметал» керував розробками з модернізації компресорного обладнання хімічних комбінатів України й створенням складних вузлів для імпортного обладнання. Заснував комплексну науково-дослідну лабораторію турбокомпресорних машин. До її складу входили — лабораторія дослідження турбокомпресорів, яка мала унікальні стенди для натурних випробувань із тиском робочих середовищ до 1000 атмосфер, лабораторія ущільнень і підшипників валів, лабораторія вібрації і акустики, конструкторське бюро перспективних розробок. На цій дослідній базі під керівництвом і за безпосередньої участі Г.А. Бондаренка проведено комплекс науково-дослідних робіт із проблеми створення унікальних зразків відцентрових компресорів високого та надвисокого тиску для хімічної і газової промисловості. Учений розробив наукову концепцію системного пружногідродинамічного аналізу високонавантажених відцентрових компресорів. З 2004 р. обіймав посади професора та завідувача кафедри технічної теплофізики Сумського державного університету. Нині — професор кафедри технічної теплофізики. Продовжує тісно співпрацювати з ВНДІКомпресормашем як науковий консультант.
Під його керівництвом виконано й успішно захищено 8 кандидатських дисертацій, підготовлено десятки магістрів і бакалаврів за напрямом «Енергетичне машинобудування».
Протягом багаторічної наукової діяльності Г.А. Бондаренко опублікував понад 200 праць. Серед них — 8 монографій і підручників. Має більше ніж 50 вітчизняних і закордонних патентів. Організатор та учасник багатьох міжнародних науково-технічних конференцій.
Герман Андрійович Бондаренко відзначений низкою високих державних нагород: медаллю «Ветеран праці» (1985), Великою срібною медаллю ВДНГ (1988) та почесним знаком «Винахідник СРСР» (1988). За роботу з розроблення й освоєння випуску компресорного обладнання в технологіях видобутку вуглеводнів йому присвоєно Державну премію України в галузі науки і техніки (2016).
З дружиною Людмилою Львівною, яка за фахом — лікар, виховали двох доньок. Еліна — музичний педагог, Аліна — інженер-економіст. Родина радіє успіхам онуки Олександри — студентки медичного факультету Харківського національного університету імені В.Н. Каразіна.
Життєве кредо Г.А. Бондаренка: «Працею вивищуюся» — напис на гербі видатного діяча промисловості та мецената Івана Харитоненка.
